Такое в основном случается в коробочной версии после обновления либо переустановления на виртуальной машине. Все дело в правах доступа к панели управления Битрикс.
В настройках главного модуля на вкладке «Панель инструментов публичного раздела» были следующие настройки.

Всегда показывать панель для пользователей: Группа: Работает в панели управления.
Никогда не показывать панель для пользователей: Группа: Зарегистрированные пользователи
Даже если добавить группы администраторов и не убрать зарегистрированных пользователей с запрета, то панель отображаться не будет. Проблема возникает через перекрестные права в группе.
Отображение панели я добавил для всех администраторов. Также можно добавить для конкретных пользователей.